Le Conseil d'administration désigne parmi ses membres un président, un vice-président et un secrétaire-trésorier pour une durée de deux ans, renouvelable. Le Conseil d'administration veille à ce que la présidence ou la vice-présidence revienne à une université complète. En outre, il veille à ce que soient représentées les trois académies universitaires de la Communauté française de Belgique : Académie Louvain ; Académie Wallonie-Bruxelles ; Académie Wallonie-Europe.

De 2000 à 2006, la présidence de la BICfB a été assurée par M. Jean-Pierre Devroey (ULB), la vice-présidence par M. René Plisnier (UMH) et le poste de secrétaire-trésorière par Mme Nicole Petit (FUSL). Ces mandats ont été reconduits à deux reprises. Conformément au statut de l'ASBL, il convenait de renouveler l'ensemble de ces postes.

M. Charles-Henri Nyns (UCL) a été élu président de la BICfB lors de la réunion du 8 décembre 2005. En sa séance du 2 mars 2006, le Conseil d'administration a procédé à l'élection du vice-président, M. Bernard Pochet (FUSAGx) et de la secrétaire-trésorière, Mme Catherine Masselus (FPMs). Ces désignations ont été effectives depuis la tenue de l'Assemblée générale du 28 mars 2006. Ces mandats ont été reconduits une fois.

Depuis mai 2010, la présidence de la BICfB est assurée par M. Paul Thirion (ULg),la vice-présidence par Catherine Masselus (FPMs) et le poste de secrétaire-trésorière par Mme Nicole Petit (FUSL).